Assistant en microbiologie
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Date de publication20/01/2023
Description du service
Service de Microbiologie :
Bactériologie- Virologie- Parasitologie-Mycologie- Sérologie infectieuse- Biologie Moléculaire infectieuse- Mycobactériologie
5PH
| Activité annuelle | – Microbiologie : 94 849 actes /an
– Biologie moléculaire : 15 4566 actes / an – Sérologies infectieuses : 55 153 actes /an |
| Horaire d’ouverture | Structure ouverte 24h/24
Heures ouvrables : 8h30 à 18h30 puis un biologiste d’astreinte de 18h30 à 8h30. Week-end : biologiste présent le samedi et dimanche matins, astreinte les après-midi et les nuits du week-end. |
Principales activités transversales
Principales activités transversales :
1) Activité clinique de recours, y compris équipe mobile :
Participation aux RCP (CRIOGO, endocardite, pied diabétique), commission des anti-infectieux, staff infectiologie, CLIN. Participation à l’équipe multidisciplinaire d’antibiothérapie depuis Mai 2021. Projet d’équipe mobile d’infectiologie clinique.
2) Plateau médicotechnique :
Laboratoire à réponse rapide : réalisation des analyses de routine sur tubes de sang, dont les sérologies.
Plateau technique partagé de biologie moléculaire
Centre de prélèvement : prélèvements microbiologiques réalisés par les IDE et biologistes
3) Autres activités transversales :
Participation à la recherche clinique : prise en charge des échantillons dans le cadre des protocoles cliniques.
Techniques utilisées
Techniques utilisées :
Equipement :
Ensemenceur (Prelud I2a), automate de cytologie urinaire (Urised I2a), colorateur de Gram (Previcolor BioMérieux), spectromètre de masse( Microflex Bruker), automate antibiogramme en milieu liquide (WalkAway Beckman Coulter), automate antibiogramme en milieu gélosé (SirWeb I2a), automate hémoculture (Bactec FX BD), automate mycobactérie en milieu liquide (MGIT BD), extracteurs acides nucléiques (Nimbus Eurobio, Easymag BioMérieux) thermocylceurs (CFX Biorad, Rotorgene Qiagen), distributeur PCR (Qiagen), automates amplification génique rapide (GenExpert Cepheid, FilmArray BioMérieux), automates sérologie (Cobas e 801 Roche, Liaison XL Diasorin Vidas 3 Biomérieux).
Bactériologie :
Poste J0 : prise en charge des échantillons, mise en culture, examen direct, tests antigéniques, permanence des soins la nuit et week end (traitement des hémocultures positives, recherche de paludisme, biologie moléculaire d’urgence).
Postes J1 : lecture des cultures, reprise des germes d’intérêt, identification et antibiogramme.
Sérologies infectieuses :
Poste Cobas e801 : sérologies hépatites, HIV, toxoplasmose, syphilis, rubéole, SARSCoV2.
Poste Liaison Vidas : sérologies Herpesvirus, rougeole, Lyme, parvovirus, chlamydia, HTLV, Helicobacter, quantiferon.
Poste techniques manuelles : sérologies Tétanos, Western blot Lyme.
Parasitologie Mycologie :
Recherche des parasites par examen direct après coloration spécifique.
Mise en culture des échantillons et identification des champignons d’intérêt par spectrométrie de masse (levures) ou analyse morphologique (dermatophytes).
Mycobactériologie :
Prise en charge des échantillons, mise en culture, examen direct après coloration spécifique.
Biologie moléculaire infectieuse :
Diagnostic moléculaire des hépatites virales, HIV, IST, infections respiratoires (dont COVID).
PCR spécifiques (HSV, CMV, EBV, VZV, coqueluche, Pneumocystis).
Descriptif du poste
| L’assistant dispose d’un bureau équipé (PC avec accès internet, DECT).
Mission dédiée : Projet bilan virologique : L’objectif est d’optimiser la prise en charge des patients lors des prescriptions d’analyses virologiques. Actuellement, les sérologies virales sont validées par un biologiste, la biologie moléculaire par un autre. Dans ces conditions, il est difficile d’apporter un conseil de pertinence et d’interprétation sans consulter le bilan validé par l’autre biologiste. ð Actions à conduire : o Réorganisation des postes de validation biologique o Mise à jour des règles de gestion sur MPL (middleware sérologies et biologie moléculaire) o Révision du bon de demande d’analyses virologiques o Formation des biologistes o Mise à jour documentaire
ð Indicateurs : o Formalisation de l’organisation o Habilitation / Formation des biologistes o % documents qualité à jour o Evaluation de l’amélioration de la pertinence Activité de routine : Après habilitation, l’assistant est responsable de la validation d’un poste de travail : bactériologie 1 (poste des hémocultures et des pus), bactériologie 2 (poste des ECBU, coprocultures, prélèvements respiratoires et génitaux), virologie moléculaire et mycobactéries, parasitologie-mycologie, sérologie infectieuse. Bactériologie : validation des examens directs, cultures, identification, antibiogrammes Virologie : validation des sérologies et PCR Mycologie/Parasitologie : validation des examens directs et des cultures
Activités transversales : Participation aux RCP et staffs. Consultation externe : Participation à la réalisation des prélèvements microbiologiques. Encadrement, formation : Participation active à la formation du personnel : mise à jour des connaissances techniques et clinico-biologiques, sous la forme de réunions hebdomadaires. Participation à l’accueil des stagiaires (BTS, IUT) et à la formation des internes de DES biologie médicale. Démarche qualité : Participation active à la rédaction des SH FORM et aux validations de méthodes. Participation aux réunions qualité du Pôle Biologie Pathologie. Permanence des soins : Une astreinte hebdomadaire, un week-end d’astreinte toutes les 6 semaines.
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Qualités requises
Travail en équipe et communication
Intérêt pour l’innovation et sa mise en oeuvre
Rigueur scientifique
